由于河深水急，加之姚德在河道中设置的障碍十分厚重，故霹雳军费了不少功夫才将金堂城边的水道疏通。当黄大根带着大军抵达了云顶城水军码头，距顿珠入城已过去了足足两日，此时攻城的蒙军早已撤退。忽都率领着千余名骑兵前往了成都方向，他手下的蒙古骑兵在此战中未有折损，但下马作战的蒙古汉军损失了几百人。夹谷龙古代则率军退往下游的简州城，他已接到了刘黑马的命令，要求务必守住简州城。
虽然天色已是黄昏，但一向小心谨慎的黄大根仍命令全军连夜入城。第二日，当杨邦宪提出乘胜追击的建议之时，黄大根不加思索地否决了，他的决定也得到了教导旅长曾勇的支持。曾勇曾在利州蒙军汪德臣部做了多年的校尉，深知蒙军狡诈多端，常使诈败示弱之计引诱对手追击，然后利用机动力优势拖累拖疲敌人，再进行伏击。虽然退往简州的夹谷龙古代也是步兵，但仍有兵力千余人左右，在困兽犹斗之下仍然一时难以解决。一旦被忽都抓住战机，突然杀回马枪，与夹谷龙古代来个前后夹击，战局便会急转直下。黄大根率领的教导旅和特种旅都是轻装部队，虽能正面抗击骑兵的冲击，但伤亡必然惨重。
按照军政联席会议的战略，此次战役目的是拿下整个川西平原，夺得成都和云顶城才是重中之中。作为作战计划制定者的黄大根当然知道孰轻孰重，当下他便命令加固云顶城的城防，又派教导旅和特种旅各一个营前去夺取周边的堡寨。“孤城难守”，余玠建立川中八柱之时，也为各个核心山城配套建设了外围堡垒据点，云顶山城也不例外。姚世安守云顶城时又增建了不少外围堡寨，形成了完整的防御体系。蒙军攻强守弱，也重攻轻守，并未发挥云顶城防御体系的作用，故能让霹雳军偷袭得手。夹谷龙古代逃往简州时，也将云顶城周边堡寨据点的新附军大部分带走，剩下老弱残兵在攻势之下要么怆惶逃走，要么跪地请降，霹雳军并没有费多少力气便将这些堡寨全部收复。
此次云顶城之战，特种旅第一营损失极为严重，全营五百人，当下尚有战斗力的只有二百三十人，这其中绝大部分还是顿珠所率的那二百人。董虎所率的三百人在此战中基本伤亡殆尽，其中战死九十余人，轻重伤一百六十余人，只有四十余人仍有战斗力，连后来补充的五十名俘虏也伤亡了三十余人。拿下云顶城后，黄大根即命运输船只返回灌口寨，一方面是将伤员俘虏和战死的同袍运回，另一方面也是再运来急需的要塞炮弹药粮食医疗物资及兵工技术人员和生产设备。
按照欧阳轩的规划，云顶城将成为霹雳军在川西最重要的要塞城市，并与彭山城嘉定城一起成为防御蒙军进犯川西的核心。要达到这个目标，除了强化云顶城的防御体系，建立水军以控制沱江上游外，还将在云顶城建设兵工厂。只要有充足的粮食和火器，只需五百军队便可让蒙军知难而退。云顶城山顶面积广大，鼎盛时期曾驻扎了八千军队，根本不缺建设兵工厂的地方。更重要的是云顶城水运颇为方便，不仅可以从灌口寨方向获得铁煤木材等重要物资，也可以从上游的彭州汉州绵州获得原材料和粮食，后面这几州大部也是膏肥之地，也是霹雳军将要出兵的方向。
就在夹谷龙古代猛攻云顶城之时，曹二狗也率军逼近了成都西门。虽然忽都率领骑兵前往了云顶城，但他却不敢大意，仍然小心翼翼让霹雳军骑兵护住步兵方阵左右。孙子兵法云：“十则围之，五则攻之”，虽然野战师步兵战力胜过刘黑马蒙古汉军步兵，但人数即便加上运输辎重的基干民兵，也没有超过成都守军的二倍。当下成都蒙军有五千人左右，刘黑马又将不少民壮驱赶上城墙，故攻守双方的人数倒差不多，如果仅从正规军的数量来看，蒙军倒比野战师人数还多。
野战师的两个步兵旅分别驻扎在成都的西门和北门南门由霹雳军水军负责进攻，骑兵旅营地则在步兵旅之间以便策应支援。这个布阵方案其实是欧阳轩的意思，他在温江之战后便带着参谋部与曹二狗汇合了。欧阳轩此阶段的战略目标是夺得成都城控制川西膏肥之地，进而获得更大的发展空间，而不是要与蒙军拼个鱼死网破。事实上，如果霹雳军再分出一部分兵力去堵住东门，那么野战师三千名步兵分摊到三个城门，则每个城门只有一千人。这种分散兵力的做法实在冒险，很容易被刘黑马集中优势兵力击破。况且云顶城方向还有忽都的一千余骑兵，随时可能从背后袭击围城的霹雳军。
能够全歼成都的蒙军当然是好事，但欧阳轩明白当下霹雳军尚无实力全歼川西蒙军，即便全歼自身也会代价巨大。况且敌人的骑兵力量占优，可以掩护步兵徐徐撤退，而当下霹雳军骑兵仍然不是蒙军的对手。温江一战虽然蒙古骑兵损失惨重，但却多是损失于火炮之下。忽都虽然只有一千余名骑兵，其中一大半还是由步兵转来的，但仍不是霹雳军骑兵所能比的。当下霹雳军骑兵已元气大伤，虽然仍能拼着伤亡保护步兵的侧翼，但却无力与蒙古骑兵进行正面决战。况且欧阳轩也不可能为了全歼成都蒙军而让宝贵的骑兵伤亡殆尽，一旦失去骑兵的保护，霹雳军步兵再强悍也会陷入被“罚站”的窘境。
野战师堵住西北两门之后，开始用火炮清理城墙上的攻城器械和工事，但并没有让步兵进攻。在南门方向，水路仍没有被疏通，据乐全安估计还需要两日才能通过炮船。昝万寿和乐全安已派人来和野战师取得了联系，并得到了欧阳轩的命令尽量减少士兵的伤亡，先用炮火洗地之后再进攻。就在霹雳军紧锣密鼓地做着准备的同时，刘黑马也没有闲着。吃一堑长一智，蒙军先是驱赶了不少民壮冒着炮火在城墙内外挖掘了不少壕沟，又强拆了不少百姓房屋的木料以构筑防炮掩体。吃够了火炮的苦之后，蒙军终于发现了这两种方式防炮击最有效。