张宣率军抵达台南港之前，孙胜夫便率军撤退到了内陆十里处。这个距离既远超战船火炮的射程，又不致于过份接近丛林。霹雳军虽然在台南带开辟了大量的农田，但相对广阔的丛林来说仍然是小部分。蛮荒的密林不管对流求军民和海匪来说，充满了太多不可知的危险疫病猛兽山洪，还有神出鬼没的食人生番。
孙胜夫命令手下修筑营垒，又砍伐树木立起了栅栏，开挖了壕沟。眼下已是五月初，流求的雨水变得极为充沛。挖壕沟主要目的是防洪排水，防止疫病的流行。雨水之下土墙极易被淋垮，这也是立栅栏而不是筑土墙的原因。围攻台南堡的海匪几经折损又几经补充，现在仍有四千人五十余门铜炮，粮食也能支撑一段时间。孙胜夫期望蒲寿庚能重新夺回澎湖，重新获得制海权。即便不能夺占流求，至少能将他和尤永贤两部救出来。
张宣率领了二百名士兵前往台南堡，这些士兵属于第二分舰队陆战营。该陆战营共有五百人，有三百人正驻守澎湖。之前泉州府在澎湖设立有巡检司，驻扎有厢军一百余人。海匪将澎湖作为辎重基地之后，将巡检司的厢军全部杀了灭口。余柱已经决定要将澎湖作为流求的前哨，为此将在澎湖的各个关键地点兴建数个定居点和一个大型堡垒。
李杆子眼见张宣率军前来，自然是十分高兴，急急地冲到堡垒门口迎接。他的热情让张宣差点晕倒实在是太臭了。台南堡面积仄窄，又入驻超过其一倍的士兵，加之用水不足，生活条件自然好不了那里去。在这围城的三个月时间里，守军都没有洗过澡。当下李杆子身上的味道，集腥醃酸的大成且十分浓烈，这让张宣全身咸腥味的糙汉子都受不了。
这种情况也不是李杆子愿意出现的，千余人的吃喝拉撒都在狭小空间，垃圾废物也扔在堡垒周围。在高温烘烤和雨水浸润之下，出现这种情况十分自然。李杆子眼见张宣作干呕状，突然醒悟过来，急令搬来大量的甘蔗酒。张宣足足灌了半葫芦酒，才勉强压下了心中的翻滚。陆战营水兵也有样学样，纷纷痛饮起甘蔗酒起来。
由于技术原因，流求公司榨糖后的甘蔗渣仍有不少糖分，如果丢了十分可惜。欧阳轩得知情况后，便写信建议将用来酿酒。流求粮食并不富余，自然也缺乏酒精这种重要的物资。余柱命人按欧阳轩的办法进行了生产，果然大获成功。这种酒不仅便宜，产量也极大，颇受军民欢迎。台南堡中便库存了大量的甘蔗酒，这也是在围城期间十分恶劣环境，却没有发生疫病的重要原因。
鉴于台南堡卫生状况十分恶劣，李杆子组织了人手进行了彻底的清洁，将积存的垃圾焚烧一空。张宣则派人用船将堡中的伤员运往台北，那里有更好的医治条件。陆战营的水兵接管了台南堡防务后，李杆子带着人到海边痛痛快快洗个了干净。眼下第二分舰队除了小部分战船在澎湖之外，大部分的火炮战船都进驻了台南堡。有这些战船的保护，根本不再怕海匪趁机来袭。
就在台南堡的守军在酣畅洗澡之际，台中的海匪也在集体淋浴被迫的。一场瓢泊大雨不期之至，将夏大根驻守屯垦点的土墙冲塌了不少。幸得豪雨让道路变得泥泞，也灌满了壕沟，使得海匪无法趁机进攻。屯垦点在大雨之下都如此，防排水更差的海匪营地更糟糕，人员物资和帐篷都泡在水中。雨水退后，营地内更是一片泥浆，人员几无立锥之地。
在受阻于夏大根的顽强抵抗后，尤永贤也曾试图绕路进攻台中。只不过要在参天的丛林中砍伐出一条通道，实在太难。海匪眼下不仅缺乏工具，更缺乏粮食。砍伐不到一里地，那些海匪便个个精疲力竭，浑身如两只散了架一样，还在流求侦察兵的袭击损失了几十人。怨声载道之下，尤永贤只得放弃。
尤永贤又派了二百人前往台北以探虚实。这股海匪在食人生番和流求侦察兵的沿途截杀下，在损失了一半的人手后，完成了任务。他们带回的消息让尤永贤背脊发凉台北方向至少有上万装备精良的士兵，正在往台中方向赶来。按照其行军速度来看，十日之内便会赶到台中。
大雨给台中的交战双方都造成了不利影响，但对海匪尤其不利。雨水浸泡使壕沟和土墙垮塌，削弱了屯垦点的防御，泥泞的道路也拖缓台北方向而来的流求大军步伐，但给海匪带来的却是致命一击粮食全完了。流求气侯炎热，被水泡湿的粮食几在日内便腐烂发臭，甚至有发芽了。
压垮尤永贤的最后一根稻草是蒲师文惨败和澎湖丢失的消息，这意味着粮道断了。短期缺粮还可以苦捱，大不了摘野果吃野菜，但大军长期缺粮便是死路一条。尤永贤手下的海匪本来就是乌合之众，靠着胡萝卜加大棒，才免强将他们压制住。如今陷入绝境，他已无力约束这些刀口舔血的悍匪了。
思索片刻之后，尤永贤便率军投降了。除了极少数海匪不愿意投降逃入丛林之外，台中的六千余名海匪悉数做了俘虏。这些海匪虽然凶悍，却已被战火和炎热折磨得个个精神萎糜，目光涣散。其中还有一千余人是伤病员，如果战事再拖下去，他们必死无疑。眼见胜利无望，投降还能捡回一条小命，便都乖乖缴了武器。
得知台中海匪投降的消息之后，台南的那四千海匪也投降了。虽然他们短期内并不缺粮，弹药也充足，但已成孤军，士气极为低迷。眼下流求大军自台北台南步步逼近，海上退路也被切断，迟早也会弹尽粮绝。更重要的是孙胜夫乘机溜走了。这孙胜夫是个老狐狸，他在退往内陆之时，悄悄在海边密森中藏了几条小船，眼见情况不妙，便率了部分心腹脚底抹油。
至此，历时三个月的流求战役结束。上岛的一万五千海匪被全歼，除了病死战死和逃入丛林的几百人外，其余皆被俘。加上被俘的海匪水手，二万海匪共有一万三千人做了俘虏，只有一千余人逃了回去。这些逃回去的，大都是驾驶轻快小船和来往于泉州与澎湖运输的海匪。前者逃跑极快，后者则是闻风即遁。除此之外，流求还缴获了大量的粮草武器。最有价值的还是两百余门铜火炮和六百余艘各型船只。