敌人出现在视野到登陆完毕，足足共花了三日时间。这不是敌人拖沓，而是因为其数量实在太多了。从台南堡最高处的瞭望塔望去，只见敌人布满了整个海滩，大小上千艘船只也停满了附近的海岸除了码头。敌人刚开始时，也试图从码头登陆，只不过被台南堡上要塞炮一通乱揍，当场沉了十几艘船只，便远远离了堡垒。
登陆的敌人果然如同情报所说，竟然有两万人，这让李杆子脸色越发阴沉起来，堡垒之中的士兵也沉默不语。夏大根护送百姓退走之时，留下的粮食和白糖装满了台南堡的旮旮角角。即便如此，还有不少粮食和货物带不走，只得送给了友善的生番部落。台南堡中的弹药数量也多，虽然不如粮食那么夸张，但也装满了堡垒的军火库。
虽然粮草弹药充足，但堡垒之中除了五百守备营士兵外，只有五百基干民兵。这千人兵力与外面的敌人相比，实在是过于悬殊。并非夏大根不愿意留下更多的兵力，而是台南堡只不过三十余亩大，要容纳这么多人已十分困难。流求气侯炎热，人口密度过大极易发生瘟疫，实在不能再增加兵力。
所幸的是，台南堡属于霹雳军的第二代堡垒。其在横原堡的基础上进行了优化设计，还针对炎热的气侯加大了通风设计，故防御力和舒适性都增强了不少。内外堡配置的十八门重型要塞炮和三十余门中小型火炮，形成了远中近无死角的火力网。当得知敌人入侵消息之时，李杆子又命人在护城河前挖了几条深壕，又将堡垒周围两里地的房屋全部焚烧，以清理火炮的射界。
流求公司在组织人员撤退之时，并没有进行坚壁清野。除了时间来不及，更重要的是在余柱等高层看来，这只是暂时的避敌锋芒的战略撤退，并不是要放弃台南。等打退了敌人，还要组织百姓回来建设家园。“一山不容二虎”，流求公司绝对不会允许将辛苦建设的产业拱手让人，也不会容忍有其他势力在流求岛上盘踞。用夏大根安慰眼泪汪汪的百姓们的话来说：“眼下种下甘蔗苗，便有人来帮我们照料。待收割甘蔗的时候我们再回来”
夏大根的话在有心人听来，意味深长。他是在警告敌人安插在流求的内奸，你们是谁？想干什么？我们都清清楚楚，最终的胜利终将属于流求公司。事实证明，敌人在台南登陆后的一系列举动，也看出他们并非只知道烧杀抢掠夺的普通海匪。他们先是将台南堡层层包围起来，又派了大军沿着官道前去进攻台中，还有条不紊接管了屯垦点，甚至还派了人引水灌溉甘蔗田。
从围攻台南堡的敌人来看，也异于寻常的海匪。虽然他们拿着的五花八门武器，也打着各种乱七八糟的旗帜。但从其进退秩序和营地的整齐程度来看，其组织程度并不比南宋的官军差。更重要的，这些海匪居然像模像样地扎下了营垒，筑了壕沟立了栅栏和瞭望塔，排兵布阵显然出自《武经总要》。
李杆子眼见这个阵仗，知道敌人绝非乌合之众，便绝了夜袭之心。留下围困堡垒的敌人足足有五千人之多，即便有火器优势，也突破不了敌人的封锁。他打定决心以静制动，敌人若进攻便只能拿人命来填，即便长期围困也不怕。只要等已方海上援军一到，即便守不住堡垒，也可以从容退去。
敌人登陆后，除围困台南堡五千人外，其余则沿着官道往台中而去。他们同流求公司一样，也遭到了生番部落毒箭的“招待”。所不同的是，流求公司通过分化瓦解的政治手段，与一大半生番部落建立了友好关系。这些新来者便没有了这些待遇，刚上岸不久，便遭到了数次攻击。
通过官道前往台中的敌人，在生番的袭扰下苦不堪言。走着走着，冷不丁便从密林之中射出一枝羽箭，中者不过一刻钟时间，便全身发乌战栗着而亡。夜间露营时也根本无法入睡，那些生番要么大声喧闹，要么往营帐射来火箭。整夜的折腾，让人筋疲力尽。想要反击清剿，却连生番的人影都见不到。这种丛林游击战极让人头痛，流求公司也是借助友好生番部落的帮助，还从生番部落招募了不少士兵，才得以将敌对部驱离为此。
海路虽然艰险却比陆路要容易些，敌人也明白这个道理。但流求海军在这处海域并非最强，却能对运输船队或登陆中的船只构成严重威胁。这伙来历不明的海匪便是趁着流求海军主力外出之时，乘机进行偷袭。为了防止流求公司发现，他们将集结点选在了澎湖。眼下流求海军的战舰虽然不多，却颇有战斗力，轻松便击沉了从台南前往台中的十余艘敌人战船。
此次进攻流求的敌人，虽然有一千多艘船只，但以运输船居多，只有不足一半的是战船，其中小型战船更占了大半。海匪的指挥官也明白，在没有绝对制海权的情况下，贸然让航速慢又笨重的运输船随行，稍有不慎便会被流求火炮击沉。走陆路虽然有生番袭扰，但总胜过走海路船翻喂鱼的下场。
在台南完成登陆任务之后，敌人的运输船便在部分战船的护送下往彭湖而去，那里是后勤辎重所在。剩下的船只，除了一百余艘留在原地，其余的四百余艘则浩浩荡荡直扑台中，准备在击溃流求公司的留守舰队之后，与陆路部队一起合击台中。
正如李杆子所料一样，敌人会采取围困策略对付自己，也会采用掘壕筑墙的手段来慢慢逼近堡垒。出乎其意料的是，敌人在构筑土木工事的同时，却并没有打造攻城器械，而是推出了数十门火炮。凭着望远镜，李杆子看出这些铜火炮分明是流求火炮的模样，甚至连轮子的位置也一模一样，这让一向镇定的他突然慌了起来。
而此时的台中市，夏大根则正在组织防御。台中离台北距离近，也比台南开发早，故农业和工矿业都要强上不少。流求公司根本不能承受弃守的后果。所幸的是台中虽然只有一座水泥棱堡，其周边却有数十座屯垦点，将大部分重要工矿设施都保护起来。夏大根加强的正是这些屯垦点的防御。
虽说台中防御比不得台南，更比不得台北，且只有一千正规军，但夏大根对于守住台中倒是颇有信心。其信心来源基干民兵，这些民兵虽然火器装备不多，训练水平也远比不得正规军，但架不住数量众多。如果加上从台南退守而来的基干民兵，其总数量足足一万余人，使得台中堡周边每个屯垦点都有五百人。