如果仅仅是抗蒙，当下霹雳军海军舰队已经足够用了。毕竟游牧部落不擅水战甚至不会游泳，而其附庸蒙古汉军和高丽水军又被霹雳军死死压制。刘整降蒙之后，向获忽必烈建言大力发展水军，但蒙军水军只能在两淮的内河航道上航行，以配合步骑兵作战。由于河道的原因，也因为造船技术的限制，其船只绝大部分为小型船只，中大型船只很少。虽然在刘整沤心沥血的努力下，蒙军水军已有了上千艘船只，水兵有二万余人，甚至仿制了几十艘火炮战船，但根本不敢驶向大海。即便有蒙军战船能逃过宋军沿海制置司的打击，也会被霹雳军战舰歼灭。
战胜并驱逐蒙古是应有之义，但欧阳轩志不仅在于此。对他来说，霹雳军的最终目标是远方辽阔而富饶的土地，而强大的海军便是实现这一目标的前提。霹雳军三支舰队虽然有一百艘主力战舰，但控制南洋和锡兰已是极限。如果要前往西洋的波斯和大食，必然会遇到强力的挑战。在大食的西方，有许多以海上贸易和海权立国的海上强国，如拜占庭和威尼斯热那亚人。他们不仅航海技术先进，有的还拥有让人闻风丧胆的希腊火等海战利器。更重要的是，这些海上民族也极擅于学习。随着技术的扩散，他们也必然仿制火炮战船。届时，远道而去的霹雳军舰队将不再有绝对的优势。
虽然相比驱逐鞑虏，远洋开拓并不是当务之急，但欧阳轩仍然决定将部分资源投入了海军建设之中。海军的建设极为艰难，有“百年海军”之说。霹雳军的舰队之所以快速崛起，除了因为有从川西带到流求的水军作为种子部队之外，一方面是因为火炮战船对冷兵器战船的碾压性优势，另一方面是财力充沛，购买了大量船只进行改装，还招募了大量的水手。只不过随着时间的推移，民船改造而来的战舰缺点，慢慢凸现出来了船速不快船体强度差，抗风浪性差转向能力差......
以上缺点使得霹雳军舰队的远洋能力大大下降。每次远航，都有战船破损或掉队，不得不靠岸维修或返航。新大陆运回的金银已成为霹雳军最重要的财源，每次为了安全运回这些财物，余柱都要亲自督促挑选船只。原因无它，流求适合前往万里之遥新大陆的船只其实不多，护航的战舰更是难觅。欧阳轩此时提出海军建设，除了解决这些问题外，也是未雨绸缪，为未来大规模的海外事业做准备。按照计划，霹雳军今后应该至少有六支舰队，每支舰队的应有大中型主力战舰一百艘，也就意味着海军要扩军四倍以上。
按照欧阳轩的想法，未来霹雳军将建设北海东海南海三支近海舰队和西洋新大陆西岸新大陆东岸三支远洋舰队。北海舰队驻地为济州岛，活动海域为北方汉地高丽倭国周边海域及北方的白海；东海舰队驻地为流求，活动海域为舟山以南至琼州海域；南海舰队驻地为星岛，活动海域为整个南洋地区；西洋舰队的驻地为锡兰，其活动区域包括天竺波斯大食及更西方的海域；新大陆西岸舰队驻地在新蜀州，活动区域为野牛大陆和羊驼大陆西海岸；新大陆东岸舰队驻地在地峡东部，距离地峡西部的新蜀州的陆上直线距离约两百里地。欧阳轩知道，当下根本没有能力开凿连通太平洋与大西洋的地峡运河，而舰队要从太平洋到达大西洋，必须要绕过羊驼大陆南端，不仅路程有万里之遥，且风急浪恶。要到达大西洋并探索新大陆东岸，最便捷的方法便是地峡东部修建城市港口造船厂，并新建一支舰队。
海军建设最主要的投入便是建造战舰。当下霹雳军战舰种类多，型号繁杂，结构也不相同，这不仅给战术阵形带来不便，也给维修保养和补给都带来诸多麻烦。按照总参谋部会同流求都督府制定的《海军发展纲要》，每支舰队应有各型战舰和运输船及辅助船只。战舰分为火炮战船爆破船火战船等舰只，运输船则有粮食补给船淡水补给船弹药补给船运兵船运马船。辅助船只则有侦察船工程船医疗船通讯船维修船....
火炮战船是舰队的核心战力。流求的造船厂在充分吸取大食波斯和天竺战船优点的基础之下，研制出了大中小三种新型主力战舰，分别命名为崇庆府级邛州级大邑级的火炮战舰。崇庆府级战舰排水量八百吨，装备火炮六十门，配备水兵四百人；邛州级排水量六百吨，装备火炮四十门，配备水兵三百人；大邑级排水量四百吨装备火炮二十门，配备水兵二百人。按照《纲要》的造舰计划，每支舰队将装备五艘崇庆府级二十艘邛州级和四十艘大邑级火炮战船。除了这六十五艘主力战舰外，舰队还将配套运输船和辅助船只。
水兵素质决定着舰队的战力。霹雳军光复巴蜀之后，水军的作用便大幅度下降。沿海制置司侵犯流求失败之后，临安朝廷被迫对霹雳军开放了长江航道。为了节省军费开支，也是为了临安表明无顺水而下之意，霹雳军将巴蜀的四个水军团裁撤了三个，仅保留了战力最强的原第三师水军团。裁撤的上千艘船只在拆除火炮后，转为民用。四千五百名水兵除少数老弱外留在巴蜀之后，其余尽皆乘坐商船，分批前往流求，加入了海军序列。这些久经战阵的水手虽然没有大海航行的经验，但水上经验十分丰富。在流求的航海学校经过学习，再到海上经过数月的适应训练之后，便能成精锐海军水兵。
“兵马未动，粮草先行”，后勤补给影响着海军的投送能力和战力。虽然霹雳军舰队现在有大量的运输船和补给船，战时也能征调商船随同出征，但却不足以支撑远洋作战。一支舰队足有一万五千人，每日仅需要食水便是个巨大数字，如果发生激烈战事，弹药也会很快耗光。在茫茫大海上长时间行驶，遇到风暴折损船只是常有之事，水手也会因疲劳而患病或发生疫病。虽然舰队配有医疗船和维修船，但限于条件这些都是临时应急之举。如果要对船只进行大修和让水手彻底康复，还得到条件更好的陆上。
为了解决这个问题，《纲要》提出了军港和海军补给站建设计划。除了济洲流求琼州交趾星岛锡兰等核心岛屿的港口建设以外，霹雳军将重点建设前往野牛大陆地峡省羊驼大陆袋鼠大陆及前往天竺波斯大食的据点。这些据点将是军民两用，标准配置为港口仓库货栈及保护这些设施的堡垒瞭望塔等防御设施。