“百年海军”这四个字道出了海军建设的艰难。廖泥鳅性急，他便找到李开鹏商量，能否从官军手中购得大海船，并招募有远航经验的水手。李开鹏便寻了机会宴请沿海制置司官员和水军将领，趁着他们酒意朦胧之时提出了这个想法，却被断然拒绝。大海船都是登记造册并定期检点，擅自变卖可是会掉脑袋的，有经验的水手更是水军的核心战力，那里会放手？不过他们听到李开鹏的开价之后，眼神又变得犹豫起来，口气也变得不再坚决，称此种事在大战之后再议。李开鹏当然知道他们的想法，大战之后必有战艘损毁，也会有人员伤亡。卖给流求公司的东西和流失的人员，便可以上报成为战损了。
对于海军建设，余柱的心情甚至比廖泥鳅还急迫。流求公司尽量做到低调，也注意保密工作，但数万人上岛动静实在不小，肯定会引起有心人的注意，进而会引起敌对势力的注意。“害人之心不可有，防人之心不可无”，余柱并不担心岛上的生番。那些部族人口稀少还相互敌对，不少部落甚至语言也不通。即便他们组织起来，就凭他们骨制和石制武器要打败流求公司简直是痴人说梦。那些武器如果没有涂抹毒药根本没有多大杀伤力，而毒药制取和保存不易，并不能大规模使用。
余柱担心的是外来势力，当下流求武装力量有三个营共一千五百人的海军，一个营五百人的陆军，另有一万左右的民兵。基隆港装备了火炮之后，根本不怕敌人进攻。即便敌人在港口附近抢滩登陆，陆军也有能力将其击退。但余柱和廖泥鳅知道，敌人根本不会攻打坚固的港口，而是获得制海权后利用船只的优势，四处进行袭扰，甚至会切断流求岛与外界的航线甚至封锁港口，使霹雳军不能从外界获得源源不断的人口粮食和其它战略物资。没有强大的海军，便没有制海权，而如果失去了制海权，流求别说发展，即便生存也会是问题。
余柱的担心并非没有道理。当下基隆港周边五十里地都处于公司的有效管辖范围，也建了不少防御设施，却仍然是易攻难守。这片两三个县大小的区域内，原来有十九个食人生番部族，其中七个是夷它它部族的亲族。经过巫师巴莱的沟通，这七个部族均同意与雷神的使者和平共处，流求公司也承诺如果生番部落不攻击，便会给其相应的利益，包括教其种植庄稼，售卖粮食盐铁器等物资，还可以让部族儿童接受教育。
其余十二个部族根本无意与外来者和平，他们不但杀了夷它它及其亲族派去的使者，还不断袭击流求公司屯垦点的选址官员和探矿的技术人员，对此廖泥鳅毫不客气进行了报复。有了夷它它及其亲族部落的带路，流求步兵营轻松找到了袭击者在丛林中的寨子准确说是一片杂乱低矮的窝棚群。在人员相差不大的情况下，训练有素又装备火器的军队对阵手拿石制武器的原始人，用脚趾头都能想到是什么结果。这些袭击者部落要么团灭，要么远远逃到更深的丛林之中去了。
流求步兵营士兵也受到的伤害许多人呕吐了，因为他们在寨中看到处处是人类骸骨，有的上面还有牙印，那些酋长屋内居然还挂着萎缩的头颅和烟薰的残肢。更为夸张的是，带路的夷它它部族向导望着满地的尸体居然流起了口水。话说夷它它及其亲属部族归附雷神的使者之后，已经答应了不再食人。雷神的使者告诉他们，食人会遭到天谴，但千百年养成的习惯短期内岂能改变？步兵营的士兵看着带路的生番向导在大口撕咬，脸上一副极度开心的表情，胃中不禁一阵翻涌，纷纷扶着树干呕起来。
赶走那些不肯和平共处的食人生番部落之后，流求公司在这片区域设置了近百个屯垦点。这些屯垦点每个约四五百人，都设在沿海或能航行小船的河道附近。除了屯垦点之外，矿山伐木场等也多设在沿海和水路交通方便之地，这使得从海上进犯的敌人极易攻破这些防御薄弱的地方。当下各个据点虽然挖了壕沟，也筑了木头栅栏，但由于火器配备不足，防御设施和防卫力量对付野兽和小规模的袭击没有问题，但无法应对大规模袭击。
实际上在屯垦点和厂矿选址的方案上，余柱等人也是两难。在这莽荒的丛林之地，要找到既交通方便又易守难攻的地方实在太难。既然“鱼和熊掌不可兼得”，流求公司高层在反复权衡之后，便将交通方便作为首选，以使经济快速发展。只有强大的经济实力和军事工业，才能建设一支强大的海军，才能御敌于海上。之所以这样选址的另一个原因则是，当下开发建设工作量十分繁重，根本没有多余的人力和物资来架桥修路。这两项基础建设虽然重要，但耗资十分巨大，也并非急需事项。
招俫上岛的六万余人虽然以青壮居多，但仍有一部分妇孺老幼，实有壮劳力只有五万余人。这五万人中，有一万五千人在矿山和工厂。当下流求公司已有了七个煤矿五个石灰矿三个铁矿和一个海水盐田。在基隆附近也建了焦煤厂炼钢高炉和水泥厂农具厂兵工厂等工厂。由于不管是民用还是海军建设，都需要大量的船只，故造船厂人数最多，足足有三千名工人。
从事农业生产的有三万五千人，其中渔民三千余人，由新成立的渔业公司统一管理和营业。实际上流求公司控制的近海水域，根本就容纳不了这么多渔民，要捕到鱼必须前往周边水域或岛南端的近海，最远处甚至要到小流求远海，这便有一定的风险了。这风险来自两个方面，一方面是可能遭遇台风等恶劣天气船翻人亡，或者因为迷路而无法返航，另一方面则可能遭遇到抢劫。劫匪不仅是海盗，也可能是其他渔民甚至是过往的商船。茫茫大海上并没法律的约束，许多海上讨生活的人都是无法无天。
流求公司高层坚持这样做的原因其实很简单，一是通过渔民逐步探索流求岛周边海域，二是培养海军的预备役人员。这些渔民进行了军事编组和训练，船只也进行了强化并配备了武器，通常以连排为单位活动，被称之为海上民兵，根本不惧怕小股海盗。在有大股海盗出没的海域捕鱼，则有流求公司的海军护航。